Travaux Pratiques de Biométrie 2
2022-01-26
1 Introduction
1.1 Objectifs
Ce livre contient l’ensemble du matériel (contenus, exemples, exercices…) nécessaire à la réalisation des travaux pratiques de biométrie 2.
Ces travaux pratiques ont essentiellement 3 objectifs :
- Vous faire (re)découvrir les logiciels R et Rstudio dans lesquels vous allez passer beaucoup de temps en L3 puis en master. Si vous choisissez une spécialité de master qui implique de traiter des données (c’est-à-dire à peu près toutes les spécialités !) et/ou de communiquer des résultats d’analyses statistiques, alors R et RStudio devraient être les logiciels vers lesquels vous vous tournerez naturellement.
- Vous faire prendre conscience de l’importance des visualisations graphiques :
- d’une part, pour comprendre à quoi ressemblent les données en votre possession,
- d’autre part, pour vous permettre de formuler des hypothèses pertinentes et intéressantes concernant les systèmes que vous étudiez,
- et enfin, pour communiquer efficacement vos trouvailles à un public qui ne connaît pas vos données aussi bien que vous (cela inclut évidemment vos enseignants à l’issue de vos stages).
Les données que vous serez amenés à traiter lors de vos stages, ou plus tard, lorsque vous serez en poste, ont souvent été acquises à grands frais, et au prix d’efforts importants. Il est donc de votre responsabilité d’en tirer le maximum. Et ça commence toujours (ou presque), par la réalisation de visualisations graphiques parlantes.
- Vous apprendre comment calculer des statistiques descriptives simples, sur plusieurs types de variables, afin de vous mettre dans les meilleures conditions possibles pour aborder d’une part les cours de biométrie 3 du second semestre, et d’autre part les comptes-rendus de TP que vous aurez à produire dans d’autres EC. Vos enseigants attendent de vous la plus grande rigueur lorsque vous analysez et présentez des résultats d’analyses statistiques. Ces TP ont pour objectifs de vous fournir les bases nécessaires pour satisfaire ce niveau d’exigence.
1.2 Organisation
Les séances de travaux pratiques de biométrie 2 durent 1h30 et ont lieu en salle informatique, soit au Pôle Communication Multimédia Réseaux (PCM), soit à la MSI (Maison des Sciences pour l’Ingénieur, salle 217). Vous pourrez utiliser les ordinateurs de l’université si vous n’avez pas d’ordinateur personnel, mais je ne peux que vous encourager à utiliser ou vos propres machines : lors de vos stages et pour rédiger vos comptes-rendus de TP, vous utiliserez le plus souvent vos propres ordinateurs, autant prendres dès maintenant de bonnes habitudes.
Seules 6 heures de TP sont prévues dans la maquette, soit 4 séances de TP. C’est très peu ! En fait, c’est très insuffisant pour couvrir correctement la totalité du contenu de cet enseignement. C’est la raison pour laquelle chacune des 3 premières séances de TP est suivie d’une séance de TEA de 90 minutes.
Au début de chaque séance de TP, j’indiquerai un objectif que vous devriez être en mesure d’atteindre en l’espace de 3 heures. Certains iront probablement plus vite et d’autres plus lentement. Lors des séances de TP, je serai disponible pour répondre à chacune de vos questions. À l’issue des 90 minutes de TP, et compte tenu de la situation sanitaire, vous serez libérés et vous pourrez ainsi soit trouver une autre salle à l’université, soit rentrer chez vous pour effectuer les 90 minutes de TEA prévues.
Pendant le TEA, vous devrez continuer la lecture de ce livre et terminer les exercices demandés. Les exercices devront être déposés sur l’ENT à l’issue de chaque séance de TEA, qu’ils soient terminés ou non. Si la séance de TEA ne vous suffit pas pour aller au bout des exercices, vous êtes vivement encouragés à les terminer en dehors des heures de cours. En effet, une correction rapide sera faite lors de la séance de travaux pratiques suivante et nous n’auront que très peu de temps à consacrer à ces corrections. Si vous n’y avez pas sérieusement réfléchi en amont, cela ne vous servira absolument à rien. Pour apprendre à utiliser un logiciel comme R, il faut en effet faire les choses soi-même, “mettre les mains dans le cambouis”, se confronter à la difficulté, ne pas avoir peur des messages d’erreurs (il faut d’ailleurs apprendre à les déchiffrer pour comprendre d’où viennent les problèmes), essayer maintes fois, se tromper beaucoup, recommencer, et surtout, ne pas se décourager. Même si ce livre est conçu pour vous faciliter la tâche, l’apprentissage de R est souvent perçu comme une lutte. Mais quand ça fonctionne enfin, c’est extrêmement gratifiant et il n’existe pas à l’heure actuelle de meilleur logiciel pour analyser des données et produire des graphiques de qualité. Vous pouvez me croire sur parole : j’utilise ce logiciel presque quotidiennement depuis plus de 15 ans.
En cas de blocage pendant les TEA ou en dehors des heures de cours, n’hésitez pas à me contacter par email en indiquant clairement à quel endroit se situe votre problème. Toutefois, ce document est fait pour vous permettre d’avancer en autonomie et vous ne devriez normalement pas avoir beaucou besoin de moi si votre lecture de ce document est attentive. L’expérience montre en effet que la plupart du temps, il suffit de lire correctement les paragraphes précédents et/ou suivants pour obtenir la réponse à ses questions. Je vous encourage également à vous entraider : c’est très formateur pour celui qui explique, et celui qui rencontre une difficulté a plus de chance de comprendre si c’est quelqu’un d’autre qui lui explique plutôt que la personne qui a rédigé les instructions mal comprises.
Enfin, les exercices demandés ne seront pas notés, mais tout ce que nous voyons en TP devra être acquis le jour de l’examen. Utilisez donc le temps du TEA pour vous préparer au mieux. L’apprentissage prend du temps, autant vous y mettre sérieusement dès maintenant.