2 Introduction

Sur votre disque dur, créez un dossier nommé “Biometrie3” (sans accent, sans espace). Au début de chaque nouvelle séance de TP, vous devrez ensuite effectuer les opérations suivantes :

  1. Créez, dans votre dossier “Biometrie3”, un sous-dossier nommé “TP_1”, “TP_2”, etc.
  2. Téléchargez les fichiers de données disponibles dans ce document (chapitres “Packages et données” de chaque section principale : 3.1, 4.1 et 5.1) et placez-les dans le dossier du TP correspondant.
  3. Lancez RStudio.
  4. Dans l’onglet “Files” de RStudio, naviguez jusqu’au sous-dossier “TP_X” que vous venez de créer et indiquez à RStudio qu’il s’agit de votre répertoire de travail. Si vous ne savez plus comment faire, consultez la section 2.2.2 du livre en ligne de Biométrie 2. Si votre répertoire de travail a été correctement spécifié, vous devriez constater qu’une commande ressemblant à ceci est apparue dans la console de RStudio :
setwd("C:/.........../Biometrie3/TP_X")
  1. Dans la console, tapez :
list.files()

La liste des fichiers contenus dans votre répertoire de travail (donc le nom des fichiers que vous avez téléchargés sur l’ENT) devrait apparaître dans la console. Si ce n’est pas le cas, recommencez depuis le début. Vous pouvez également vérifier à tout moment si le répertoire de travail utilisé par RStudio est bien celui que vous pensez en tapant :

getwd()
  1. Créez un nouveau script dans votre répertoire de travail et sauvegardez-le. Si vous ne savez plus comment faire, consultez la section 2.2.3 du livre en ligne de Biométrie 2.
  2. Dans l’onglet “History” de RStudio, cliquez sur la commande commençant par setwd() puis cliquez sur le bouton “To source” (une flèche verte dirigée vers la gauche). Cela a pour effet de copier dans votre script la commande permettant de spécifier le répertoire de travail correct. Ainsi, lors de votre prochaine session de travail, vous n’aurez pas besoin de spécifier manuellement quel est votre répertoire de travail comme nous l’avons fait à l’étape 4 ci-dessus : il vous suffira d’ouvrir votre script et d’envoyer cette commande dans la console en pressant les touches ctrl + Entrée.
  3. N’oubliez pas de sauvegarder votre script très régulièrement et d’y ajouter autant de commentaires que nécessaire avec le symbole #.

Si vous suivez rigoureusement ces étapes, vous devriez être dans la situation idéale pour commencer à travailler efficacement dans RStudio. Avec un minimum d’habitude, mettre tout ça en place ne devrait pas vous demander plus de 2 ou 3 minutes. À partir de maintenant, toutes vos analyses et commentaires doivent figurer dans vos scripts.